Nomenclature de souche

Méthode

L’outil lit le nom de gauche à droite et rattache chaque partie à une règle des lignes directrices de nomenclature, avec sa section. Ce qu’il ne reconnaît pas est marqué « non reconnu », jamais deviné.

Les abréviations des souches viennent des deux tables officielles (hybrides F1, congéniques), les codes de laboratoire d’une courte liste vérifiée dans le registre ILAR, les noms de gènes de quelques gènes vérifiés dans MGI et RGD. Le reste n’est vérifié que sur la forme.

Le constructeur écrit le nom que les lignes directrices donnent pour le type choisi, puis le décode : un nom construit et un nom décodé ont les mêmes parties.

Limites

• Souris et rat seulement. Chez le rat, il n’y a pas de table d’abréviations : les symboles de souche s’écrivent tels quels.
• L’outil vérifie la forme d’un nom, pas son enregistrement. Seuls MGI (souris) et RGD (rat) enregistrent les noms.
• Non décodés : les souches recombinantes consanguines et congéniques recombinantes, les hybrides F2 et de rétrocroisement, les génotypes (+/+), les aberrations chromosomiques. Les souches consomiques et conplastiques, les colonies fermées et quelques autres types sont reconnus, sans être découpés.
• Le nom complet d’un gène n’est affiché que pour quelques gènes vérifiés ; les autres renvoient à une recherche dans MGI ou RGD.
• Codes de laboratoire : une courte liste vérifiée dans le registre ILAR. Les autres codes renvoient au registre ; aucun titulaire n’est deviné.
• Le nombre de rétrocroisements (N10) se note à côté du nom, jamais dedans (§ 5.2).

Sources

• Guidelines for Nomenclature of Mouse and Rat Strains : révision de septembre 2024, International Committee on Standardized Genetic Nomenclature for Mice et Rat Genome and Nomenclature Committee ; les types de souches et leurs séparateurs.
• Guidelines for Nomenclature of Genes, Genetic Markers, Alleles, and Mutations in Mouse and Rat : révision de septembre 2024 ; les symboles de gènes, d’allèles et de transgènes.
• Standard Mouse Strain Abbreviations for use in Congenic Nomenclature : Mouse Genome Informatics ; les abréviations officielles des fonds (B6, 129P2…).
• ILAR - Search Labcodes : Institute for Laboratory Animal Research ; les codes de laboratoire et leurs titulaires.
• Rat Nomenclature Guidelines : Rat Genome Database ; les souches et les gènes de rat.
• MGI Quick Search tips: angle brackets for superscript : Mouse Genome Informatics ; les chevrons pour l’exposant en texte brut.