Coefficient de consanguinité

Méthode

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Le coefficient de consanguinité F d’un petit est la probabilité que ses deux copies d’un gène viennent d’une même copie chez un ancêtre commun. Il est égal au coefficient de parenté de ses deux parents.

L’outil le calcule exactement, sur tout le pedigree, par la méthode tabulaire : la parenté d’un animal avec un autre est la moyenne de celle de ses parents avec cet autre, et celle d’un animal avec lui-même vaut ½ (1 + F). Le résultat est une fraction exacte.

Pour l’expliquer, l’outil liste les chemins de Wright : pour chaque ancêtre commun, n1 générations le séparent du mâle et n2 de la femelle, sans passer deux fois par le même animal.

F = Σ (1/2)^(n1 + n2 + 1) × (1 + F de l’ancêtre)

La somme des chemins est égale au résultat de la méthode tabulaire ; au-delà de 500 chemins, la liste est coupée, jamais le coefficient.

Limites

• Les fondateurs (animaux sans parent connu) sont supposés non apparentés et non consanguins ; un parent inconnu compte comme un fondateur.
• Le résultat ne vaut que pour le pedigree saisi : un ancêtre absent de la liste ne compte pas.
• Les repères sont des valeurs du calcul, pas des seuils : aucune des sources citées ici ne fixe de niveau acceptable.

Sources

• Wright S. (1922), Coefficients of inbreeding and relationship, The American Naturalist 56 : à l’origine de la méthode des chemins. Nous n’avons pas pu consulter l’article : la formule ci-dessus est écrite d’après les exemples des notes de Gardner et Yampolski, qui l’attribuent à Wright (1922).
• Nilforooshan, Garrick et Harris (2021), Alternative Ways of Computing the Numerator Relationship Matrix, Frontiers in Genetics 12 : la méthode tabulaire (section 3.1) que l’outil utilise pour le calcul exact.
• Gardner et Yampolski (2007), Evolution Module 6.5 : Inbreeding, notes de cours, East Tennessee State University : les chemins de Wright sans passer deux fois par le même animal, un ancêtre commun consanguin (× (1 + F de l’ancêtre)) et plusieurs ancêtres communs additionnés.