Calculateur de taille de colonie

Méthode

L’outil suit, ligne par ligne, la feuille de calcul de The Jackson Laboratory : le besoin par semaine, multiplié par les facteurs de sexe, de croisement et de marge, puis divisé par le nombre de petits qu’une femelle sèvre par semaine.

Un besoin mensuel compte 4 semaines, comme sur la feuille. Il est divisé par la plus petite valeur entre l’écart d’âge et la fréquence : des animaux nés la même semaine demandent de produire tout le besoin du mois en une semaine.

Les animaux et les cages sont arrondis vers le haut. La ligne 12 garde toute sa précision ; la feuille papier l’arrondit au centième, ce qui peut donner un peu moins de femelles.

Les couples non productifs sont retirés du nombre de portées, comme dans le manuel de JAX (15 % : portées × 0,85). La marge de sécurité est la ligne 7 : 10 % donne un facteur de 1,1.

Femelles de remplacement (lignes 14 à 16) : seulement quand les reproducteurs ont le génotype des animaux utilisés (hom × hom, ou het × hom avec les deux sexes) et que l’écart d’âge couvre la fréquence. Sinon, les petits non utilisés servent de reproducteurs.

En trio, deux femelles par cage, avec la même productivité par femelle qu’en couple, comme dans les exemples de JAX.

Limites

• Le calcul est déterministe : des moyennes en entrée, des moyennes en sortie, sans marge statistique.
• La productivité dépend fortement de la souche : utilisez les chiffres de votre colonie. Le NC3Rs le rappelle, la mortalité des nouveau-nés peut varier considérablement d’une souche à l’autre.
• La feuille compte les petits au sevrage : les pertes après le sevrage n’y sont pas.
• La feuille de JAX est moins précise pour les colonies qui portent des gènes sublétaux ou dont la pénétrance varie.
• Sur de petits effectifs, les proportions de Mendel sont peu fiables (NC3Rs) : prévoyez un plan de secours.
• Het × het compte les homozygotes (25 %) ; la feuille n’a pas de ligne pour produire les hétérozygotes.

Sources

• The Jackson Laboratory, Breeding Colony Size Planning Worksheet : la formule, lignes 1 à 16.
• The Jackson Laboratory, Breeding Strategies for Maintaining Colonies of Laboratory Mice (2009) : l’exemple A2, les couples non productifs retirés des portées (annexe A5), les trios ; copie hébergée par l’Université de Californie à Irvine.
• The Jackson Laboratory, Guidelines for Sizing Experimental Mouse Colonies (webinaire, 2017) : l’écart d’âge dans la règle des remplacements (lignes 14 à 16) ; copie hébergée par l’Université nationale Cheng Kung.
• NC3Rs, How to plan a colony : productivité selon la souche, accouplements non productifs, proportions de Mendel sur de petits effectifs.
• The Jackson Laboratory, Colony Planning : la page qui renvoie à la feuille de calcul.